Identities computed with respect to: (1) AP001507_Bacillus_halodurans_g
Colored by: consensus/80% and property
  1 AP001507_Bacillus_halodurans_g                     100.0%  CCGTGCTAGGTG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTCACTCGC-A-ATCC G-CTAT-AGCGAG------GC-------TG----AA----TCCCTTCTA- -G----------AGGTTTT-G--------TCaCCGTAGGGT-CTG-C-CC TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGCTT----GGGTTC-TACGCAACGAAA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCACGAACCCTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAGTAAGTGGC--CCCTTTCGT-GT-GCCGTAG--AGTCGCC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGCTCAGG-T-AAC---G-C-CTAG-G-GT GG-----CA----TGATCG---AAG--GAAGG-----TGCACGG  
  2 BAALSCR_B_alcalophilus_gene_fo                      94.0%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CTCGC-A-ATCC G-CTAT-AGC-AG------GC-------TG----AA----TCCCTTCTA- -G----------AGGTTTT-G--------TCaCCGTAGGCT-CTG-C-CC TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTG-----GGTTC-TACGCAACGAAA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCACGAACCCTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAGTAAGTGGC--CCCTTTCGT-GT-GCCGTAG--AG-TCGC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGCTCAGG-T-AAC---G-C--TAG-G-GT GG-----CA----TGATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
  3 BAASCR_B_amyloliquefaciens_gen                      81.7%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CCTGC-A-ATCC G-CTCT-AGCAGG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTTTAAGGC-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG--GGTTGCC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-TTAG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
  4 BBSCRNA_Bacillus_brevis_gene_f                      68.2%  CCGTGCTAGACG--GGGAGG--TTGCGGTGCCCTGTAACCTGC-A-ATCC G-CAATAGCCAGG------GT------GTG----AA----TTCCTATCC- -T----------AGGTTTTC---------TT--ATGTGAGG-CTGCCGTT GATGGC-GGCGGTGT--TGA-GGAGC----GGGTCC-TGTGCAACGCGA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCATGAACCTGGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCCATAAGTGGA--TCATCGCGT-GT-GCCGCAG--GGTAGCC T-GCTCTGAG---CTGCT--ACCATAAG-T-AAC---G---CTCGGA-TA AGG----A-----TTATCG---AAG--ATAGG-----TGCACGG  
  5 BCCISCR_B_circulans_gene_for_s                      77.4%  CCGTGCTAAGCG-GGGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGCGAG------GC-------TG----AA----TTCCTTTCT- -G----------AGGCTGGT---------ATcCTGTAGGGT-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTCC----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATCCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGGA--CACCCCCAT-GT-GCCGCAG--GGTTACC T-GGACTGAG---CTAAC--TACTTAAG-T-AAC---G-C-TTAT-G-GG TG-----------CCAGTC--GACA--GAAGG-----TGCACGG  
  6 BCCSCR_B_cereus_gene_for_small                      80.3%  CCGTGCTAAGCG-GGGGAGG--TAGCGGTGCCCTATA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGC-AG------GC-------CG----AA----TCCCCTCTC- -G----------AGGTTATG---------TTgCTGTAAGGT-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAACGG-G- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCGTGAACCTTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAATAAGC-GG--TCTTCTCGT-GT-GCCG-AG--AG-TGCC T-GAACCGAG---CTAAC--TGCTTGAG-T-AAC---G---TTAT-G-GT AC-----G-----TAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
  7 BMMASCR_B_macerans_gene_for_sm                      79.2%  CCGTGCTAAGCA-GGCGAGG--TAGCGGTGCCCCATA-CCCGC-A-ATCC G-CTCT-AGGAGG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTGTAAGGT-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGCGT--TGA-CGTCT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG--GGTTGCC T-GGGCTGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-TTAG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----AGCACGG  
  8 BMMSCR_B_megaterium_gene_for_s                      83.6%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGC-AG------GC-------CG----AA----TTCCTTCTT- -G----------AGGTTAGC---------TCaTCTTAGGGC-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TACGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATCTGTGAACCCTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAGTAAGCAGA--ACCTCTCAT-GT-GCCATGG--GGTCGCC T-GAACCGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-CTGG-G-GT GG-----C-----TAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
  9 BPPOSCR_B_polymyxa_gene_for_sm                      81.4%  CCGTGCTAAGCG-GGGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CCTGC-A-ATCC G-CTCT-AGCAGG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTTTAAGGC-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG--GGTTGCC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-TTAG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 10 BPPSCR_B_pumilus_gene_for_smal                      81.3%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGC-AG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTTCAAGGT-CTG-C-CT TAAATA-AGTGGTGT--TGA-CGTCT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG--GGTTGCC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGTTTAAG-T-AAC---G-C-TTGG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 11 BSORF17_Bacillus_subtilis_DNA_                      81.7%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CCTGC-A-ATCC G-CTCT-AGCAGG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTTTAAGGC-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG--GGTTGCC T-GGGCCGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-TTAG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 12 BSSCR_Bacillus_stearothermophi                      77.7%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGCGAG------GC-------TG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTAGT---------CTgTTGTGAGGC-CTG-T-CT CAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTCT----GGGTCC-CGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------TTCCGTGAACCCTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAGTTAGCGGA--TGCTCCCAT-GT-GCCGCGG--GGGCGCC T-GGGCTGAG---CCAAC--TGCTTGAG-C-AAC---G---CTCGGG-GC AG-----C-----TAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 13 BSSPSCR_B_sphaericus_gene_for_                      81.4%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTGTA-CCTGC-A-ATCC G-CTCT-AGCAGG------GC-------CG----AA----TCCCTTCTC- -G----------AGGTTCGT---------TTaCTTTAAGGC-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGTGAA--ACCTCTCAT-GT-GCCGCAG---GTTGCC TtGGGCCGAG---CTAAC--TGCTTAAG-T-AAC---G-C-TTAG-G-GT AG-----C-----GAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 14 BTTSCR_B_thuringiensis_gene_fo                      80.9%  CCGTGCTAAGCG--GGGAGG--TAGCGGTGCCCTATA-CTCGC-A-ATCC G-CTCT-AGC-AG------GC-------CG----AA----TCCCCTCTC- -G----------AGGTTAT-G--------TTgCTGTAAGGT-CTG-C-CT TAAGTA-AGTGGTGT--TGA-CGTTT----GGGTCC-TGCGCAACGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------CCCCGTGAACCTTGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCAATAAGCGGG--TCTTCTCGT-GT-GCCGCAG--GAGTGCC T-GAACCGAG---CTAAC--TGCTTGCG-T-AAC---G-C-TTAT-G-GC TA-----CG----CAATCG---ACA--GAAGG-----TGCACGG  
 15 AE007525_Clostridium_acetobuty                      65.3%  --GTGCTAGACG--GGGAGT--TAGCGGTGCCTTGTA-CCTGC-A-ATCC G-CTGT-AGCAGG------GT-------TG----AA----TTCCTTGTT- TG----------AGG-CTAT---------AAtTTGTGGGGT-TTG-C-CT CATCTTgGTCAATGT--TGA-GAATT----GGGTCC-CACGCAACGGAA- -------------------------------------------------- ----------------------ATTCATGAACTCCGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCGGTAAGTGAA--ATCTTCCGT-GT-GCCGTGG--ATAAATC T-GATTTGAG---TTGACCa-G-GTGAG-T-AAC---A---CTCATA-GA TT-----A-----TTGTCG---ATT--CAAGG-----TGCAC--  
 16 CPSERTRNA_Clostridium_perfring                      72.5%  CCGTGCTAGATG--GGGAGT--TAGCGGTGCCCTGTAACCTGC-A-ATCC G-CTAC-AGCAGG------AT-------CG----AA----GTCCTCATA- -G----------AGG-CTCT---------AAcTTGTGGAGT-CTG-C-CC TATGTA-AGTGGTGT--TGA-GAGTT----GGGCCC-CACGCAATGGAA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCTGTGAACCTCGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCGATAAGCAGT--CATTTTCAT-GT-GCCGTGG--ATACGTC T-GGCTTGAG---CTAAC--TGCATAGG-T-AAC---G---TTCATA-AG TT-----A-----TTGTCG---AAG--TGAGG-----TGCACGG  
 17 AF269814_Staphylococcus_epider                      69.0%  CCGTGCTAGGTG--GGGAGG--TAGCGGTTCCCTGTA-CTCGA-A-ATCC G-CTTTATGCGAG------AC-------TT----AA----TTCCTTTGT- TG----------AGG-ACGTA--------TTtTTGTGAAGT-CTG-C-CC GAAGCA-CGTAGTGT-TTGAaGATTT----CGGTCC-TATGCAATATGA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGA--C GGAAGCAGCATTAAGTGGA--TCCTCATAT-GT-GCCGTAG--GGTAGCC G-AGATTTAG---CTGTC--GACTTCGG-T-AAC---G---TTTATG-AT AT-----G-----CGTTCG--ATAC--AAAGG-----TGCATGG  
 18 AF368293_Staphylococcus_aureus                      68.6%  CCGTGCTAGGTG--GGGAGG--TAGCGGTTCCCTGTA-CTCGA-A-ATCC G-CTTTATGCGAG------GC-------TT----AA----TTCCTTTGT- TG----------AGG-CCGTA--------TTtTTGCGAAGT-CTG-C-CC AAAGCA-CGTAGTGT-TTGAaGATTT----CGGTCC-TATGCAATATGA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGA--C GGAAGCAGCATTAAGTGGA--TCATCATAT-GT-GCCGTAG--GGTAGCC G-AGATTTAG---CTAAC--GACTTTGG-T-TAC---G---TTCGTG-AA TT-----A-----CGTTCG--ATGC--TTAGG-----TGCACGG  
 19 AL591984_Listeria_monocytogene                      71.3%  --GTGCTAGACG--GGGAGG--TAGCGGCGCCCTGTAACCCGC-A-ATCC G-CTCT-AGCGGG------GT-------TG----AA----TTCCTCATT- TG----------AGGCATCG---------TAaTTGTTTGGT-CTG-C-CC TTGACA-AGTGGTGT--TGA-AGGTT----GGGTCT-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCTGTGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAAGCAGT--GCTTCTCAT-GT-GCCGCGA--GGTCGCC T-GGCCCGAG---CTAAC--TATCAGGG-T-AAC---G-C-AGAT-G-AT TG-----------CATGTC--GATG--TGAGG-----TGCGC--  
 20 AL596173_Listeria_innocua_Clip                      70.5%  --GTGCTAGACG--GGGAGG--TAGCGGCGCCCTGTAACCCGC-A-ATCC G-CTCT-AGCGGG------GT-------TG----AA----TTCCTCATT- TG----------AGGCATCG---------TAaTTGTTTGGT-CTG-C-CC TTGACA-AGTGGTGT--TGA-AGGTT----GGGTCT-TGCGCAATGGGA- -------------------------------------------------- ----------------------ACCTGTGAACCATGTCAGGTCCGGA--A GGAAGCAGCATTAATCAGT--GCTTCTCAT-GT-GCCGCGA--GGTTGCC T-GGCCCGAG---CTAAC--TATCAAGG-T-AAC---G-C-AGGT-G-AT TG-----------CATGTC--GAGG--TGAGG-----TGCGC--  
 21 AE001769_Thermotoga_maritima_s                      57.7%  CCACGCTAGGCG--GGGGGC--TGGCGGTCCCCTGTA-CCCGA-A-ATCC G-CCGTACGCGGG------GC-------CG----AA----TTCCCACCC- -G----------AGGCTCTT---------CGgGTCGGGAAA-CGG-C-GT GA-CTC-GGGGGCGA--TGA-AGACC----GGGTCC-CACGCAACGGAA- -------------------------------------------------- ----------------------CCCTGTGAACCTGGTCAGGCCCGGG--A GGGAGCAGCCATAAGCAGG--TGTTTCCGT-GT-GCCGTGG--GGGAGCC C-GGTTGGAG---CCTTC--CG-ATCAT-G-CAC---G---CCCCGG-TC CGG----A-----GAAGTC--GACG--GTGGG-----TGCGTGG  
 22 PORG7SA_Pyrodictuim_occultum__                      32.4%  --CGGGTAGGGC-CGGGGGC--TCGCCCTCCCCCGAGCCCCGA-A-ATGG G-CGTAATGCGGG-----GGC-------CA-g-TAA----CCCGCACGT- -C----------GGCCGTA--G-------TG--GTCCAGGG-CAG-ACCC GG-----CCGACCCA--TGA-CC-CC-----CGTCC-CGC--GGGGC-CG --GCGG--CGCGG-A--------GCCCCC--TCCGGAGGGA-----GGGa GGC--TACCGCCC-T----TA-CCGGGGGAACCAGGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACCTA-ACC-CC---GGACGCC--CG-GCGTTCGCGGGGCCAC G-GG---GTG----AGGC--AACGGCCG-G-GCC-CC--C-TGCC---CT GGG----CC--CCTACGGC--TGGC--GTGCGGG---GGCCG--  
 23 AE006647_Sulfolobus_solfataric                      34.5%  --CAGGGAGGGT--GGGGGATCTCGCCAATCCCTATTACCCGC-A-A--G G-CGTAATGCGGG-----CAC-------CA-g-TAA----CTCCTACCC- -T----------ATGGTGTC---------TCcTATCTGTA---GG-TCCC AG-----TGGAGCGA--TGA-AGGC------TGCCC-AGC--GGGGCTTG --GCGGT--CATG-G------GCTTTCTC--TCCGGAGGGA-----GAG- AAAGTACCATGA--T----AG-CT-GGGGGAATCGGCGAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCCGT-GCC-T----GGAC-GC--CA-GCGTTCGCTGGTCAAC A--GCCAGAG---TGAAA---CTGGGGT-A-AAC---C-T-ATAG-A-TA GG-----T-----AGGCCA--TGGG--GTAGGGG---GTCTG--  
 24 AP000988_Sulfolobus_tokodaii_g                      31.4%  --CGGGTAGGGT--GGGGAGTCTCGCCAGCTCCTGTAACCCC----GTGG C-GTAAT--GGGG-----CAC-------CA-g-TAA----CCCTTATGC- -C----------ATGATACC---------TAcCTCTCTAGA-T---C-CC AG-----CTGAACGA--TGA-GCACC------GCCC-GGT--GGGGCGAG --ACGG--ACGCG-A------ATCTCCTC--TCTGGAGGGA-----GAG- GGGATATCGCG---T----CAA-CCGGAGGAATCGGCCAGGTCCGGA--A GGGAGCAACCGT-GTC-CG-----GCCGT--CC-GCGTTCACCGG-TCAC C-GGTGTGAG---AAAGG---CTGGGGG-TaAAT---C-T-AGAG-A-GG AA-----A-----GGATCA--TGGC--ATAAGGG---GGCCG--  
 25 SS7SRNA_UNKNOWN_Sulfolobus_rel                      32.2%  --CAGGTAGGGT-GGAGGGTC-TCGCCAGCCCTTATA-CCCAC-AtG--- G-CGCAACGTGGG-----CAC-------CA-g-TAA----CTCCTATGC- -T----------ATAATACC---------TGcTCTTCGAGA-T---C-CC AG-----TCTAACTA--TGA-TCATC------GCCC-GAC--GGGGCGAG --ATAGT--CGTG-G------GTTCCCTT--TCTGGAGGGA-----GAG- GGAATTCCACG---T----TG-ACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACCGT-GCC-CG----G-CTAT--CC-GCGTTCGTCGG-TCTC C-GATAGGAG---GAAGA---CTGGGGG-T-AAA-TCT-C--GGG-G-AG TA-----A-----GGGTTA--TGGC--ATAGGGG---AGCTG--  
 26 AE001042_Archaeoglobus_fulgidu                      37.2%  --GGGCTAGGCC--GGGGGGTTCGGCG-TCCCCTGTAACCCGA-A-ACCG C-CGATACGCGGG-----GGC-------CG----AA-----GCCGAGGG- -G----------AGGCCTG----------TCaAGCGGGCGG-CAG---CG GTTCCA-GGCACCGC--AGA-GTCCT-----CGTCC-CGG--AGGGC-CG --GCGGT--TATG-G------CCGGGCTG--CCCGGAGGGG-----CTG- TCC--GCCATA---T---TAG-CCGGGGGGAACGGCCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAGGCTA-ACC-CC---GGACGAC--CG-GCGCTTCCGGGGGTGC G-GGGAGGAG---GTGCC--TGGGGCTT-C-AAG---C---CGCCCG-TA AG-----G-----CAGGTC--GACC--CGAGGCG---TGCCC--  
 27 AE005009_Halobacterium_sp_NRC1                      34.1%  --GGACTAGGCC--GGGCGGTTTGGCT-CCGCCCGACACCCGTgAgACAG T-CATC-AGCGGG-----GGC-------CG----AA----C-ACC-GGG- -C----------GCGTCCG----------ACc-GCCGCGGT-CGG-GCCC CGGAA--GCCAACGT--GGA-AGCCT-----CGTCC-GTC--GGGGA-CG --GCGGT-CCGCG-G--------CGTGCG--CCCGCAGGGG-----CGT- TCC--GTCGTGGT-T----CG-ACGGTGGCAACCCGCCAGGCACGGA--A GTGAGCAGCGGA-CCA-CC---GAACGCC--CG-TCGCTCGACGGGTCGC G-GGGTGGAG---AAGGCG-ACCGGGAC-T-ACC---C---GGCCGG-GA ACG----C-----CGGGCT---ACC--CCG--AC---TGTCC--  
 28 AF395888_Haloferax_volcanii_si                      35.0%  --GGACTAGGTC--GGGCAGTTAGGCC-CTGCTCTTCACCCGCgAaATAG GtCTTT-AGCGGG-----GAC-------CG----AA-----CACG-GGC- -G----------CGTCCGG----------TCaGACCGGCGC-GGG-C-CC CGGAA--GCCAACGT--AGA-AACCT-----CGTCC-TTC--GGGGA-CA --GCGGTTCCGCG-T--------ACCCCT--TCCGCAGGGA-----AGG- GTT--CGCGCGGT-T----TA-TCGGTGGTACCCCGCCAGGCGCGGA--A GCGAGCAGCGGA-CCA-TC---GGACGTG--CG-TCGCTCGAGGGATCGC G-GGGTGGAG---GAGGCA-ACCGGGAT-T--CC-CCA---CGTCGG-AA CG-----------CCGGGC---AAC--CTCGC-----TGTCC--  
 29 MFTGSRNA_Mfervidus_7S_RNA__Ser                      39.3%  --AGGCTAGGCC--GGGGGGT-TAGGGGTCCCCTGTAAGCGCA-A-ATCC C-CTATATGGCGC-----GGC-------CG----AA----GCCCA-GGA- GG----------CGGCAAG----------ACcGCCAGACAT-CGG-C-CT GAGG---GTTAAACA-ATGA-AGCCT-----CGTCC-CAC--AGGGC-CA --CCGGT--GGCG-A-------GGGTCCA--GCTGGAGGGC-----TGG- ACCTAATCGCC---T---TTG-CTGCGGGAAC-GGGTCAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCCCT-ACC-GC---AGACGGA--TG-GTGCTTGTGGGTCAAC G-GGGTGGAGtctATAAC--CCTCAGAT-C--AC-CGG---TGTCTG-GT GG-----T-----CTTGTC--CACT--CCTGGGCG--TGCCT--  
 30 MTRRNOPE_Methanobacterium_ther                      37.1%  --GGGCTAGACC--GGAGGGT-TAGGGGTCCTCTGTAAGCGCA-A-ATCC C-CTATACGGCGC-----GGT-------CG----AA----GTTCA-GGG- GA----------CGGCTGAT---------CGaCTGTTT-AT-CGG-C-CC TGCTG--ATTGGTGT--CGA-AGCCT-----CGTCC-CGC--AGGAT-CA --GTGGT--GATG-G-------GGCCCTG--ACTGGAGGGT-----CAG- GGTAAACCATC---T---TAG-TCATGGGAAC-GGGTCAGGCCTGGA--A AGGAGCAGCCCT-ACC-AT---GGACAGC--TG-ATGCTTGCGGATTAAC G-GGGTGGAG---CCAGTC-AGCGGGAT-C--AC-CGG---TAAATG-GA AG-----G-----TCTGTC--AACC--CCTGAACG--TGCCC--  
 31 AE000940_Methanobacterium_ther                      36.8%  --GGGCTAGACC--GGAGGGT-TAGGGGTCCTCTGTAAGCGCA-A-ATCC C-CTATATGGCGC-----GGT-------TG----AA----GTTCG-GGG- GA----------CGGCTGAT---------TGaCTGTCC-AT-CGG-C-CC TGATG--GTCGGTGT--CGA-AGCCT-----CGTCC-CGC--AGGAT-CA --GTGGT--GATG-G-------GGCCCTG--ACTGGAGGGT-----CAG- GGTAAACCATC---T---TAG-TCATGGGAAC-GGGTCAGGCCTGGA--A AGGAGCAGCCCT-ACC-AT---GGACAGC--TG-ATGCTTGCGGATTAAC G-GGGTGGAG---CCGGTC-ATCAGGAT-C--AC-CGG---CGGATG-GA AG-----A-----TCTGTC--AACC--CCTGAACG--TGCCC--  
 32 MJU67510_Methanococcus_jannasc                      37.5%  --TGGCTAGGCC--GGGGGGTTGGGCG-TCCCCTGTAACCCGA-A-ATCG C-CCTTATGCGGG-----GGC-------CG----AA----AACTT-GGG- GG----------CGGCATG----------TC--CTCCAGTC-CTT-C-CT TCCCAG-ACTCCTCG-ATGA-GGTCT-----CGTCC-CGT--GGGGCTCG --GCGGT-GGGGG-A--------GCATCT--CCTGTAGGGG-----AGA- TGT--AACCCCCT-T----TA-CCTGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACGGT-AGG-CA---GGAC-GT--CG-GCGCTCACGGGGGTGC G-GGACGGAG----AAGGAaTCTGGGGG-C-GAG---G-G-AGGA-CtGG AGG----A-----CATGCC--CACC--CCAAGGA---AGCCA--  
 33 MV7S_Mvoltae_7S_ribosomal_RNA_                      39.9%  --TGGCTAGGCT--GGGAGGTTAGGCG-TCTCCTGTAACTTGA-A-ATC- G-CCTT-TGCGAG-----AGC-------CG----AA----AACTT-GGG- GG----------CGGCATAA---------GTtCCCAAATTT-CAT-T-CT TAATTAgTATGTC-----GA-CGTTT-----CGTCC-TTT--GGGGTAAG --ATGGT-AAGAG-A--------CTCTCT--TTCTTAAGAA-----AGA- GTC-AAACTCTTT-T----CG-TATTTCGAAACCCGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACGGT-AGA-AT---TTAC-TT--CG-ACGCTCAAGGGGTAGC G-GGGCTGAG----TACTAaTTAAGGCA-A-AAT-GAG---ATTT-G-GT GC-----T-----TTTGTC--CACC--CCAAGGA---AGCCA--  
 34 MA7SRNA_Macetivorans_7S_RNA_ge                      35.0%  --GAGCTAGTCC--GGGTAGCCCGGCG-TTACCTGTAACCCGA-A-ATCG C-CGATATGCGGG-----GGA-------CG----AA-----GCCAATGG- -A----------AGATGCG----------TCaAAGGGATTC-CAG-C-CT GTGAT--CTCAACTG--AGA-AACCC-----CGTCC-TGC--TTGGA-TG atGCAG--GTATG-T--------GGACTT--GCTGGAAAAC-----AGG- TCC---TCATACCcT----AA-CTGCGGAAACCGGTCGAGGCCCGGA--A GGGAGCAGACTC-ACT-GT---GGGCAAC--CG-TCGCTTGCGGGGTCGC G-GGGTGGAG---AAGAGA-TTCCAGTC-T--AC-TGA-A-ATCT-C-CC AG-----A-----TACAAC--GACC--TGCGGTG---TGCTC--  
 35 CNSPAX01_Pyrococcus_abyssi_com                      39.8%  --GGGCTAGGCC--GGGGGGTTCGGCG-TCCCCTGTAACCGGA-A-ACCG C-CGATATGCCGG-----GGC-------CG----AA----GCCCGAGGG- GC----------GGTTCCC-GA-------AGcCGCCTCCGG-AAG-C-CA GGG----CCGAACGA--TGA-GTCCT-----CGTCC-CGC--GGGGT-GC --CCGGT-GGGGG-A--------GGCACG--GCTGAAGGGC-----CGT- GCT--AACCCCCT-T----TA-GGCCCCAAACCCCGCAAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCGGT-AGG-GG---CCACGGA--GC-ACGCTCGCGGGGGTGC G-GGGATGAG---GTAGG---CCCTGGT-G-AAA---G-G-AGGC-G-GT GG-----AG----GGTTCC--CACC--CTCGGGCG--TGCCC--  
 36 AP000001_Pyrococcus_horikoshii                      39.8%  --GGGCTAGGCC--GGGGGGTTCGGCG-TCCCCTGTAACCGGA-A-ACCG C-CGATATGCCGG-----GGC-------CG----AA----GCCCGAGGG- GC----------GGTTCCC-GA-------AGcCGCCTCTGG-AAG-C-CA GGG----CCGAACGA--TGA-GTCCT-----CGTCC-CGC--GGGGT-GC --CCGGT-GGGGG-A--------GGCACG--GCTGAAGGGC-----CGT- GCT--AACCCCCT-T----TG-GGCCCCAAACCCCGCAAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCGGT-AGG-GG---CCACGGA--GC-ACGCTCGCGGGGGTGC G-GGGATGAG---GTAGG---CCCTGGT-G-AAA---G-G-AGGC-G-GT GG-----AG----GGTTCC--CACC--CTCGGGCG--TGCCC--  
 37 AL445063_Pyrococcus_furiosus_S                      40.6%  --GGGCTAGGCC--GGGGGGTTCGGCG-TCCCCTGTAACCGGA-A-ACCG C-CGATATGCCGG-----GGC-------CG----AA----GCCCGGGGG- GC----------GGTTCCC-AA-------AGcCGCTCCCAG-AAG-C-CG AGG----TCGAACGA--TGA-GTCCT-----CGTCC-CGC--GGGGT-GC --CCGGT-GGGGG-A--------GGCACG--GCTGAAGGGC-----CGT- GCT--AACCCCCT-T----TG-GGCCCCGAACCCCGCAAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCGGT-AGG-GG---CCACGGA--GC-ACGCTCGCGGGGGTGC G-GGGATGAG---ATAGG---CCTCGGT-G-GAT---G---GGAGCG-GT GG-----AG----GGTTCC--CACC--CTCGGGCG--TGCCC--  
 38 AP000996_Thermoplasma_volcaniu                      35.1%  CCAGACTTGGCC--GGGGGGTTAGGCG-TCCCCTGTA-CCCGA-A-G--- T-CTAGATGCGGG-----GGC-------GA----CA----GCCCGGTGA- -G----------ACCACCT----------GGgTTTCTG-TC-AGG-C-CC CG-----TGGAATCA-TTGA-TCCTC-----TGTCC-CTC--TGGAT-CG --G-AG--GCCTG-C-----ATGTACATC--CTCAAAGGAG-----GGT- GTATGTGCAG-CC-T-------ACCAGGGGAACGCGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACGACACCC-TG--GACTCT----CG-ATGCTGGAGGGGT-GC G-GGGGTGAG---AGGAA--GCGGGGGG-T--AC-----C-TGGC----A GG-----A-----CGCCCA--GACCgaACCGGGT-G-TGTCTGG  
 39 TACID1_Thermoplasma_acidophilu                      34.4%  CCAGACTTGGCC--GGGGGGTTAGGCG-TCCCCTGTA-CCCGA-A-G--- T-CTAGATGCGGG-----GGC-------GA----CA----GCCCGGTGA- -G----------ACCACCT----------GGgTTTCTG-CC-AGG-C-CC TG-----CGGAATCA-ATGA-TCTCC-----TGTCC-CTC--TGGAT-CG --GAGGC-CCATG-G-------ACACGAT--CTCAAAGGAG-----AAC- GCG--CCCATGGC-T----TG-CCAGGGGAAC-GCGCCAGGCCCGGA--A GGGAGCAACGAC-ACC-CT---GGACTCT--CG-ATGCTGGAGGGGT-GC G-GGGGTGAG---AGGAA---ACAGGGG-G-TAC-----C-TGAC----A GG-----A-----CGCCCA--GACCgaACCGGGT-G-TGTCTGG  
 40 TC7SRNA_Tceler_7S_RNA_gene                          38.8%  --GGGCTAGGCC--GGGGGGTTCGGCG-TCCCCTGTAACCGGA-A-ACCG T-CGATACGCCGG-----GGC-------CG----AA----GCCCGGGGG- GC----------GGTTCCC-GA-------AGcCGTTCCCGG-AAG-C-CG GGG----CACAACGG--TGA-TCCCT-----CGTCC-CAC--GGGGC-CG --GCGGT-GGGCG-G--------GGTCCG--GCTGGAGGGC-----CGG- GCT--AACGCCCT-T----TG-CCCGCCGAACCCCGTCAGGCCCGGA--A GGGAGCAGCGGT-AGG-CG---GGACGTT--CG-GCGCTCGTGGGGTAGC G-GGG--GTG----AGCGA-GCCCCGGT-G-GAA---G---GGGACG-GT GG-----A-----GGGTCCc-CACC--CCCGGGCG--CGCCC--  
 41 Candida_Albicans                                    22.4%  -------------------------GG----C-TGTGA------------ ---------TGGCtTtt-AGC-------GG----AA----GC----GTG- -C----------TGC-TCG----------TGtACCTGCTGT-TTG----T TG-----AAAATTTA--AGA-GCAAA----GTGTCC-GGCTCGATCC-CT --GCGAATTGAATt------CTGAACGCT--AGAGTAATCAg----TGT- CTTTCAAGTTCTGgT--AATGTTTAGCATAACCACTGGAGGGAAGCA--A TTCAGCACAGTA-ATG-CTaa-TCGTGGT--GGaGGCGAATCCGGATGGC A-CCT-TGTT----TGTT--GATAA----A-TAG-TG--CgGTATC---T AG-----------TGTTGC--AACT-------CTAT--------  
 42 Neurospora_crassa_sequence_contig_157_(superconti   19.2%  -------------------------CGA---C-TGTAA------------ ---------TG-------GTC-------------AA----GGTGGGTTT- GA----------AGGCACTTGA-------TTtTCTCAATGT-CTCTATTC CATG---TCCAAATC-TGGA-AGCCCagcgGCGCCC-AGCaCGA-AC-CT t-GCGGT-GGTCA-C-----CCACTCGCA--CGGGTAGCCTgcgacTTG- CTGCGCGTGGCCC-TaAGCAA-TGAAGATGAC-ACTTGAGAGAGGTTCCA CTCTGCAGAGAC-ATC-TT--C-ACCGTC--AGGTGGCGcGCTGGATTAC G--ATCGCTG---GGGGG---TTGGGAT-A-GAG---C---GTTGAG-AT GG-----A-----GATGTC--GACT---CCTATTTT--------  
 43 SPAC2C4_Spombe_chromosome_I_cosmid_c2C4             26.6%  -------------------------CG----C-TGTAA------------ ---------TGGCtT---GGT-------CG----AA-----GTGT-TTA- -GTactccca--ATA-GTGCA--------TGtTCGGTGGTC-TCGGGTTC GAGT---CTCGCTTT--CGA-TCCCT-----CGATC-TGC-CAC-GT-C- ----TGTTCGAA--G------------------AGTAGTCTTc---GTG- GCAACTGG-CAGT-T--AAAC-CGTGTAGTACCGATGGAGGTTGGAA--A CAATGCACATCA-CTA-CC--G-GGT-CTT-GG-GCAGTGC---GATAGC G-ATGGGATT----CACC---TTCGCAG-G--AT---G---TGCATG-GA AG-----------TATAAA--CACA---ACGGTCG---------  
 44 YLSCR2_Ylipolytica_DNA_for_7S_RNA_gene_SCR2         21.9%  -------------------------AG----C-TGTAA------------ ---------TGGCaTtttGTCGgAgTG--GT--AAA----TC--GCCTT- -C----------TTG-TTG----------TGcGTTCGAGTT-CTGGACTC TGCAC--TGGGCT-----AC-TTTGT----TTGTCCTTTC-CGA-AT-TC t-GCGGT-TGATG-G-----GCGTCTCGGtcTGAGTAATCGgct--TTG- AGATTTCCGTT-C-T--AAGATTAACTGGGAT-ACTTCAGTGGAGCA--A TCCAGCAGAGAT-CCA-GT--T-GCCGTG-gGT-ATGGCGGTGGGATAGC A-ACAAAGTG----GTAT---ATGT----T--AT-GGA---AGGT-A-TT TG-----------CAATCA-cGAC-----------T--------  
 45 YLSRP_Yeast_(Ylipolytica)_small_ribonucleoprotein   20.6%  -------------------------AG----C-TGTAA------------ ---------TGGCaTtttGTCGgAgTG--GT--AAA----TC-GTCT-T- -C----------TTG-TTG----------TGcGTTCGAGTC-TTGGGCTC TGCAC--TTGGCC-----AT-TTGGT-----TGTCCTTTC-CGA-AT-TC t-GCGGT-TGATG-G-----GCGTCTCGGtcTGAGTAATCGgct--TTG- AGATTTCCGTT-C-T--AAGATTAACTGGGAA-ACTTCAGTGGAGCA--A TCCAGCAGAGAT-CCA-GT--T-GCCGTG-gGT-ATGGCGGTGGGATCGC A-ACCAAGTG----GTAT---ATGT----T--AT-GGA---AGAT---AT TT-----A-----CGATCA-cGA-----------TT--------  
 46 TT7SL_Tetrahymena_Thermophila_gene_for_7S           27.3%  ---------GCC-AGGG-----TAGCA-ATACCTGTGTCTAT----A--- ---------T-GT-----GGC--------AT--AAAcaatGTAGGTTGT- -G----------ATAGATA----------GGaTATGAGAGT-TTG-ATGA GACAG--TTTGCT-----AA-GAGTG-----TGCCCGCTC-CAA-AC-AA --TGAGT-TGCTAt------GGTGGTAAC--CTAGTAATAG-----GAC- TCCACCAGGGCAT-T--AAAGAGCTAAGGAAACGCCTCAGGCTGGCA--A CAGAACAGGGAAAACT-TG--C-CGCTTG--TT-GTGGTGGAAGGATAAC A-TACTCATT----AACT---GTCAAAC-T-AAT-----C-GTTC----T AC--TATCA----AAGCCA--GAC---------ATT--------  
 47 Tetrahymena_Rostrata                                27.5%  ---------GCC-----AGGG-TAGCAATGCC-TGTGACCTC-------- ---------GTGT-----GGC--------AT--AAA----C-AATGTAG- -T----------TAGAATA--GTCAGAG----TATGAGAGT-TTG-ATGA GACAG--TTTGCT-----AA-GAGTG-----TGCCCGTTC-CAA-AC-AG --TGAGT-TGCTAt------GGTGGAAAC--CTAGTAATAG-----GAC- TTCACCAGGGCAT-T--AAAGAGCTGAGGAACCGCCTCAGGCTGGCA--A CAGAACAGGGAAAACT-TG--C-CGCTTA--TT-GTGGTGGAAGGATAAC A-TACTCATT----AACT---GTCAAGC-T-AAT-----C-GGTT----C TG--CTATT--C-TGATCA--GAC---------ACT--------  
 48 AF047723_Trypanosoma_Brucei_rh                      28.9%  ---------GCC--GGAGCGCAT-----TGCTCTGTAACCTT-------- ---------CGGG-----GGC-------TG-----A----TCCCGCTTA- GC----------GGGGACG--------------TCTTGGAC-AAG-C-GG GGGT---TCTGTTGCgTTGA-CTTGG-----TGTTC-TGC--TTGGT-TG --CGTGT-CGGTG-Tt----GAGGTCGCC--ACTGTAGAGA-----GGC- GTTCTCGCGCCGT-T--AAAG-TGGGGGGAAC-GGGTCAGGCCGGTG--A CGGAGCAGCCC--ACC-TT--G-CGCACG--TT-CCCGTTGCAGAAGCAC A-CCGAGGAG----CATC---TCAG----G--AC-TTT-G-CGCC-C-CA AGT-GT-------CGTCGC--GAG-------GCGGT--------  
 49 TRB7SLRNA_Trypanosoma_Brucei_7SL_RNA_gene           28.6%  ---------GCC--GGAGCGCAT-----TGCTCTGTAACCTT-------- ---------CGGG-----GGC-------TG-----A----TCCCGCTTA- GC----------GGGGACG--------------TCTTGGAC-AAG-C-GG GGGT---TCTGTTGCgTTGA-CTTGG-----TGTTC-TGC--TTGGT-TG --CGTGT-CGGTG-Tt----GAGGTCGCC--ACTGTAGAGA-----GGC- GTTCTCGCGCCGT-T--AAAG-TGGGGGGAAC-GGGTCAGGCCGGTG--A CGGAGCAGCCC--ACC-TT--G-CGCACG--TT-CCCGTTCGAGAAGCAC A-CCGAGGAG----CATC---TCAG----G--AC-TTT-G-CGCC-C-CA AGT-GT-------CGTCGC--GAG-------GCGGT--------  
 50 AF006750_Leptomonas_collosoma_                      25.9%  ---------GCC--G-GAGCCTT-----GCTC-TGTAACCTT-------- ---------CGGG-----GGC--------TT--TCA----CCA-GCT-G- -A----------ACA-GGG----------AGcTGTCTGGAC-CAGCATAG GGTGCT-TGCGGCGT--TGA-CGTGG-----TGCTC-TGC--TTGGC-TG --TGTGT-CGGAG-GcctccGGGTGCCCC--CTTGCAGAAG-----GGGc GCGCCCCCTCCGT-T--AAAG-TAGAGGA-ACTGGGTCAGGCCGGCA--A CGGAGCAGCCC--ACC-TC--G-CGCACGT-CT-GCCGTTGCAGAACCAC A-CCGCGGAG---CCTGT--CATCACCT-G-CGC-CC--C-AGGC----G AT-----------CCTGTG--AA--------GCTTT--------  
 51 LMFL1232_Leishmania_major_Frie                      28.9%  ---------GCC--G-GAGCTCT-----GCTC-TGTAACCTT-------- ---------CGGG-----GGC---------T---AA----CCAGGCTTA- GC----------GGGGAGG--------------ACGTGGAC-CAG-C-GA GGGTGA-TTTGCTGCgTTGA-CGTGG-----TGCTC-TGC--TTGGC-TG --TGTGT-CGGTGtG-----GCTTGCCCC--CCTGCAGAGGgt---GGC- GCGGGTCCGCCGT-T--GAA--GCGAGGGAACCGGGTCAGGCCGGAA--A CGGAGCAGCCC--ACC-CC--A-CGCACGT-CC-GCCGTTGCAGAATCAC A-CCGCGGAG----CATG--T-CCG----C--AC--TT-G-AGCC-C-CA CG--CT-T-----CGTCGC--GA-------AGCCTT--------  
 52 AF095839_Entosiphon_sulcatum_t                      26.6%  ---------GCCt-GGAGGGTGTCACGCCCCTCTGTCACCTG----A--- G--------TTGGgA---GGC--------A----cT----GTGTGCCTG- GGActgccccacACA-CCC-TAGGCCTC-----CCTTG-GC-CTGSTTGC ACCATGgTGCCATGC--AGA-GACTG-----CGCCCACTG-AAA-GA-CA --GCTG--CCCTC-Ac----TGGCACCGC--CTGGCAACATtg---GCG- GTGTCTTGGAGGC-TaTGATG-CGGAGGGGACTGGGCAAGGCTGGCA--A CAGAGCAGCCAAAACC-TC--C-CACAGC--TG-TCAGTTCAGGGAACAC G-CAGTTGAG----TGGT---GCTGCAG-C--AG---G-T-TGGG-C-TG AGG-GTGCA----AGGTAG--GACTg-GGCATACC---------  
 53 Zea_MaizeA                                          28.4%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGT- GA----------ATGCTTT-GCGATGGC----TTTCTGGGCcCTGGGCTC GT-----TGTGACAC-TGGC-CGGCT-----TGCCCATCC-CAA-GT-TG --GTAGT-GTCTG-Gt----GGGGGCTCT--AGCGAAAGCTt----TGG- GTCTCTGCAGACC-T--GGAG-CGGCAGGAATGGCGTAAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACT-GC--C-GACTCC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC GaAGCCGCTG----CACT---TTGAGCC-T-AAC-TCA-G--GCT-C-AG AA--CCTCA--C-TAAGCA--AACC--ACCATCTTT--------  
 54 Zea_MaizeB                                          28.7%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-CGC- GG----------ATGCTTT-GCGATGGT-----TTCTGGGC-CTGGGCTC GT-----TGTGACTC-TAGC-CGGCT-----TGCCCATCC-CAA-GT-TG --GTAGT-GTCTG-A-----CGGGGCTCT--AGCGAAAGCTt----TGG- GTCTCTGCAGACC-T--ACAG-CGGCAGGAATGGCGTAAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACTCGC--C-CACTTC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC A-AGCCGCTG----CACT---TTGAGCC-C-AAC-ACA-G--ACC-C-AG AT--CCTCT--C-TTAGCA--AACC--ACCATCTTT--------  
 55 Zea_MaizeC                                          26.5%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGT- GG----------ATGCTTG--GTACCGT-----GTCTTTGC-CTGGGTTC ATGG---TGTGCCTT--TGT-TGGCC-----TGCCCGTTC-CAA-GT-TG --GTAGT-GGCCG-Tt----GGAAGCTTG--GGCGTAGGCCc----TGG- GCTTCCTTGGACC-T--ATAG-TGGCAGGAACGGCGTGAGGCTGTCTTCA CAGAGCAGCGATCACT-GC--C-GGCTAT--TA-ACGGTGGAAGGATAAC A-GGCCACTG----CAGC---ATGGGCT-C--GC-TTA-A-GGCC-T-AG AC--TTCATa-CTAAAGCA--GACC--ACCATTTTT--------  
 56 Zea_MaizeD                                          29.0%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGC- GG----------ATTCTTT-GCGATGGC----TTTCTGGGC-CCGGGCTC GCTA---TGTGCCTT-TGGC-CGGCC-----TGCCCGTCC-CAA-GT-TG --GTAGT-GGCTG-Gc----GGAGGCTTT--AGCGGAAGCT-----TTG- GTCTCTCCAGACC-T--GAAG-TGGCAGGAATGGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACTCGC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC A-GGCCGCTG----CACT---TCGAGCC-C-AAC-TCA-G--GCC-C-AG AG--CCTCA--C-TAAGCA--GACC--ACCATCTT---------  
 57 Zea_MaizeE                                          28.7%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGC- GG----------ATTCTTT-GCGATGGC----TTTCTGGGC-CCGGGCTC GCTA---TGTGCCTT-TGGC-CGGCC-----TGCCCGTCC-CAA-GT-TG --GTAGT-GGCTG-Gc----GGAGGCTTT--AGCGGAAGCT-----TTG- GTCTCTCCAGACC-T--GAAG-TGGCAGGAATGGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACTCGC--C-GGCTTC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC G-GGCCGCTG----CACT---TCGAGCC-C-AAC-TCA-G--GCC-C-AG AG--CCTCA--C-TAAGCA--GACC--ACCATCTTT--------  
 58 Zea_MaizeF                                          27.9%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCTA----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGT- GG----------ATGTTTC-CTGACGGA-----TTCTGGGC-CTGGGCTT GT-A---TGTGCCAC-TGGC-CGGCC-----TGCCCGTTC-CAA-GT-TG --GTTGT-GGCTG-G-----TGGGGCTCG--GGCGAAGGCC-----TGG- GCCTCTTTAGACC-T--GAAG-CGGCAGGCATGGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACTCGC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC A-GGCCGCTG----CATT--GC-AAGCC-C-AAC-TCG-G--TCC-A-GA GC--CTCAT----TAAACA--GACC--ACCATCTTT--------  
 59 Zea_MaizeG                                          28.9%  ----------CC--GAGCTCTGTAGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGC- GG----------ATTCTTT-GCGATGGC----TTTCTGGGC-CCGGGCTC GCTA---TGTGCCTT-TGGC-CGGCC-----TGCCCGTCC-CAA-GT-TG --GTAGT-GGCTG-Gc----GGAGGCTTT--AGCGGAAGCT-----TTG- GTCTCTCCAGACC-T--GAAG-TGGCAGGAATGGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACT-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGGAGGATAAC G-GGCCGCTG----CACT---TCGAGCC-C-AAC-TCA-G--GCC-C-AG AG--CCTCA--C-TAAGCA--GACC--ACCATCTTT--------  
 60 AP003253_OSativa_chr_1__PAC_cl                      27.6%  ---------GCC--GAGCTCAGTAGCGAGAGCCTGTAACCCA----A--- G--------CGGG-----GGC--------A-ctAAA----GGTGGCTGC- GG----------ATGTTTG--GTGTGGA-----TTCTGATC-CTGGGCCC CATGTT-GTTGTAATcTTGC-TGGCT-----TGCCCGTTC-CAA-GT-TG c-GTAGTGGGCCG-G-----AGGGGCTTT--GGCGAAGGCCtttgcTTT- GCTTCTCCGGCCC-T--AAAG-TGGCAGGCACAGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACT-GC--C-CGCTTC--CA-TCGGTGGAAGGATAAC A-GGCTGCTG----CACC---TTGGGCC-C-GCT-TCT-G--GCC-C-AG AG--TCCCT--CTACAACA--GACC--ACCATCTTT--------  
 61 AP003333_OSativa_chr_1__BAC_cl                      27.6%  ---------GCC--GAGCTCAGTAGCGAGAGCCTGTAACCCA----A--- G--------CGGG-----GGC--------A-ctAAA----GGTGGCTGC- GG----------ATGTTTG--GTGTGGA-----TTCTGATC-CTGGGCCC CATGTT-GTTGTAATcTTGC-TGGCT-----TGCCCGTTC-CAA-GT-TG c-GTAGTGGGCCG-G-----AGGGGCTTT--GGCGAAGGCCtttgcTTT- GCTTCTCCGGCCC-T--AAAG-TGGCAGGCACAGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGATCACT-GC--C-CGCTTC--CA-TCGGTGGAAGGATAAC A-GGCTGCTG----CACC---TTGGGCC-C-GCT-TCT-G--GCC-C-AG AG--TCCCT--CTACAACA--GACC--ACCATCTTT--------  
 62 AP003523_OSativa_chr_6__PAC_cl                      27.9%  ---------GCC--GAGCTCAGCAGCGCGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AT--TAA----GGTGG-TGT- GG----------ACGTTGC--GGTACGG-----CTGCGGGC-CTG-G-GT CGGC---ATTGCTAC--AGA-TGGCT-----CGCCCGTTC-CAA-GT-TG a-GTAGT-GGGCC-Gg----CGGGGCTTG--TGCGAAAGCTct---GGG- GCCCCACGGTTCC-T--AGAG-TGGCAGGCATGGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGAATACT-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGAAGGATAAC G-GGCCGCCG----CACT--GC-TGGCC-C--GC-TTG---GGTCTC-GC ATC-CTACT----CCAACG--GACC--ACCACTTTT--------  
 63 AC079888_1_OSativa_chr_10_clon                      28.0%  ---------GCC--GAGCCAGGTAGCGTTGGCTTGTCACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AA--TAA----GGTGG-TGTt GG----------ATGCCTG--GTCGTTT-GC-GCTTGGGGT-CTGCGCCT GTGG---TTTGCACT-ATGC--GGCC-----CGCCCGTTC-CAA-GT-TG c-GTAGC-GTGTGtG-----GGGCGCCTG--GGCGAAGGCT-----CGA- GCGTCCCTGCACC-T--AGAG-TGGCGGGTATTGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGAGTACC-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGAAGGATAAC G-GGCCGCTG----CAGC---CCTGGCC-C-GCT-TCC-G--GCC-C-AA GTG-CCTTC--C-ATGGCA--GACC--ACCACCTTT--------  
 64 AC079888_2_OSativa_chr_10_clon                      27.8%  ---------GCC--GAGCCAAGTAGCGATGGCTTGTCACCCG----A--- G--------CGGG-----GGC--------AA--TAA----GGTGG-TGC- GG----------ATGCCTG--GTCGTTT-GC-GCTTTG-GC-CTGGGCCT GTGG---TTCGCTCT-ATGC--GGCC-----CGCCCGTTC-CAA-GT-TG c-GTAGC-GTGTAtG-----GGGCGCCCT--GGCGAAAGCT-----AGA- GCGTCCCTGCACC-T--AGAG-TGGCGGGTATTGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGAGTACC-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGAAGGATAAC G-GGCCGCTG----CAGC---CCTGGCC-C-GCT-TCC-G--GCC-C-AT GTG-CCTTC--C-ATGGCA--GACC--CCCATCTTT--------  
 65 TASRP7S1_Wheat_signal_recognit                      26.6%  ----------CC--GAGCTAG-TTGCGAGAGCTTGTAACCCG----A--- G--------TGGG-----GGC--------AT--TAA----AGTGA-TGT- GA----------ACNCTGT--TGTAGCG-----CTGCGGGC-CTGGTCTG GG-----TGTGCTAC--TGC-TGGCC-----CGCCCGTTC-CAA-GT-TG c-GTAGT-GGACC-Gcc---TGGGGCTTA--TGCGAAAGC------TGG- GTCTCACGGTCCA-T--AATG-TGGCAGGCACAGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACAACT-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGAAGGATAAT G-GGCCGCTG----CACT--CCTAGGAC-C--AA-TTG---GGCCTC-GC AGC-CTACT----CCAGCA--GACC--ACCATCTTT--------  
 66 TASRP7S2_Wheat_signal_recognit                      26.7%  ----------CC--GAGCTA-GTTGCGGGAGCTTGTCACCCA----T--- G--------TGGG-----GGC--------AT--TGA----GGCGG-TGT- GG----------ATGCTTG--GTGCGGT----TTGTTG-GC-CTGGGCTT GT-----GATGTAACcTTGC-TGGCC-----TGCCCGTTC-CAA-GT-TG --GTAGT-GGGCT-G-----GGTGGCTGG--GGCGAAAGCT-----TCG- CCTTCTCAGGCCT-T--AA-G-TGGCAGGCACCACGTTAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGACAACT-GC--C-CGCTTC--CA-ACGGTGGAAGGATAAC A-GGCCGCTG----CAGC---ATGGGCC-C--GC-TCT-G-GGCCTC-CT AC--CCCGC--C-ATAGCA--GACC--ACCATCTTT--------  
 67 AThaliana_chr1_1                                    25.1%  ---------GTC--GAACCTAGTAACGTGGGTTTATGATCCG----A--- G--------TGGA-----GAC--------AA--CAA----GGTGA-TGG- -T----------ACA-TTG--GGTCGGA-TC--TCAATGGG-CCGGGTTC GGCT---TGGGCTCT-TTAC-TGGCC-----TGCCCATTC-CAA-GT-CG --GGAGTTGAGAT-A-------TCTTCTG--AGCGAAGGTT-----CGG- AGCCAATATCTCTtT--AGAG-CGGAGGAGACCGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGTCCACC-TT--C-CGTTCT--CG-ACGGTGGAAGGATAAC G-GGCCCGTT---GTCTT---CCGAGCC-C--AC-TAT---GACCCA-TT AGGcCGACT--C-CAACTG--AGCC--ATCACTTT---------  
 68 AThaliana_chr1_2                                    25.9%  ---------GTC--GAGCTCAGTAACGTGGGCTTGTGACCCG----T--- G--------TGGG-----GAC--------AA--TAA----GTTGG-TGG- -A----------ACA-CTG--GCTCGGC-----CCACGGGT-CGGATCTG TT-----GTGGCATT-GTTC-CGGGC-----TGCCCAGTC-CAA-GC-TG --AGAGT-GATCC-G-----TGTGTGTTA--AGCGAAGGCT-----TGG- CTCAGGCGGTTCT-T--GCAG-TGGAGGGCAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGATCACC-TC--C-CGCTCT--CA-GCAGTGGACGGATCAC A-GCTCGACG----CCAC---TCAGATT-C--AC-CAT---GGCCTG-CT GGC-TCGTT--CCCAGCTG--GACC--ACCAATTT---------  
 69 AThaliana_chr2_1                                    25.1%  ---------GTC--GAACTCAGTAACGCGGGCTTGTGATCCA----A--- G--------TGGA-----GAC--------AA--TAA----GGGGA-TGG- -G----------ACGTTGG--GTCGATC-----TCATTGGG-CCGGGTTC GGGT---TGGGCTAT-ATTC-TGGCC-----CGCCCATTC-CAA-GT-TG --GGAGTTGAGGC-A-----TGGGCTTCG--AGCGAAGGCT-----CGG- GTCTCATGTCTTC-T--AGAG-TGGGGGAGACCGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGTCCACC-TC--C-CGCTCT--TG-ACGGTGGAAGGATTAC G-GGCCATTG----CCTT---CCGAGCC-C--AC-TAT---GACCCA-AT AAG-CCGCT--C-CGATTG--GACC--ATCACTTT---------  
 70 AThaliana_chr2_2                                    25.7%  ---------GTC--GAGCTAAGTAACGAGAGCTTGTGACCCG----A--- G--------TGGG-----GAC--------AA--TAA----GGTGG-TGG- -A----------ACA-GTG--GTTCAAT----TCCTCGGGT-CGG-ACCT GATG---CTGACATA-TATC-TGAGC-----TGCCCAGTC-CAA-GC-TG --TGAGT-AATCT-G-----TGTGGGTCA--GGCGAAGGCT-----TGA- CTCAGGCGGATTC-T--AAAGTCGGAGGGTAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGACTACT-TC--C-CTCTTA--CA-GCAGTGGATGGATCAT A-GTTCGAAG----TCTC---TCAGATC-C--AC-TAT---GGCCCG-CT GGT-TCGAT--CTCTCCTG--GACC--ACCACTTT---------  
 71 AThaliana_chr4_1                                    24.5%  ---------GTC--GAGCTAAGTAACATGAGCTTGTAACCCA----T--- G--------TGGG-----GAC--------AT--TTA----GATGG-TGG- -A----------ACA-CTG--GTTCGGG----TCCACGGGC-CGGTTCTG TTGT---TGGCATGT--TTC-TGGGC-----TGCCCAGTC-CAA-GC-TG --TGAGT-AAGAC-G-----TGTGTGTCA--AGCGAAGGCT-----TGG- CTCAAACGGCTTC-T--AAAGTTGGAGGGTAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGACTACT-TC--C-CGCTTA--CA-GCAGTGGACGGATCAC A-GTTTAGCG----TCGC---TCAGAAC-C--AC-TAT---GGCCTG-CT GGT-CCGAT--CTCATATG--AACC--ACCATTTT---------  
 72 AThaliana_chr4_2                                    24.5%  ---------GTC--GAGCGAAGTAACATGAGCTTGTAACCCA----T--- G--------TGGG-----GAC--------AT--TAA----GATGG-TGG- -A----------ACA-CTG--GTTCGGG----TCCACGGGC-CGGTTCTG TTGC---TGGCATGT--TTC-TGGGC-----TGCCCAGTC-CAA-GC-TG --TGAGT-AAGAC-G-----TGTGTGTCA--AGCGAAGGCT-----TGG- CTCAAACGGCTGC-T--AAAGTTGGAGGGCAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGATTACT-TC--C-CGCTTA--CA-GCAGTGGACGGATCAC A-GTTTGGCG---TCGCT---C-AGAAC-C--AC-TAT---GGCCTG-CT GGT-CCGAT--CTCATCTG--AACC--ACCATTTT---------  
 73 AThaliana_chr4_3                                    25.3%  ---------GTC--GAGCTAAGTAACAATAGCTTGTAACCCA----T--- G--------TGGG-----GAC--------AT--TAA----GATGG-TGG- -G----------ACA-CTG--GTTCGGT----TCCTCGGAT-CGGTTCTG ATGT---GGGCATGT--TTC-TGAGC-----TGCCCAGTC-CAA-GC-TG --TGAGT-AATTA-Gt----GTTGAGTTG--AGCGAAGGCT-----TGG- CTCATGCAGGTTC-T--AGAGTCGGAGGGTAATGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACTACT-TC--C-CGCTTA--CA-GCAGTGGACGGATCAC G-GTTTAGCG----TCGC---TCAGAAC-C--AC-TAT---GGCCTG-CT GGT-CCGAT--CTCATATG--AACC--ACCATTTT---------  
 74 AThaliana_chr5_2                                    25.2%  ---------GTC--GAGCTATGTAACGAGAGCTTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GAC--------TA--TAA----GATGG-TGG- -A----------ACA-CTG--GATCGGC-----CCACGGGT-CGGATTTG TTG----TTGGCATA-GGTC-TGGAC-----TGCCCAATC-CAA-GC-TG --TGAGT-GAACC-G-----TATGAACCA--AGCGAAGGTT-----TGA- TCCGTACGGTTGC-T--AAAGGTTGAGGGTATTGCGTTAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACTACC-TC--C-CGCTCT--CA-GCAGTGGACGGACAAC G-GTTCGACG----CCAC---ACAAATC-C--AC-TAT---GGTCCG-CT GG--CTCGTaaCCCGCTTG--AACC--ACCATTTT---------  
 75 HLU236703_Humulus_lupulus_HL7S                      27.9%  ---------GCC--GGGCTCAGCAACGTGGGCCTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GGC--------A---TGA----GGGAAATGA- -G----------ACT-TTG--GGCCGAC-----CCGAGAGA-TCGGATTC AGTG---TCGGCTGA-TTAC-TGGTT-----CGCCCGTTC-CAA-GC-AA --AGAGCTGGGCT-G-----GGTGAGTTG--GACGAAGGTC-----TGG- CTTACTCAGCTCC-T--AAAG-CGGTGGGTAACGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACTACC-TC--C-CGTTCT--TG-GCAGTGGAAGGACAAC G-AGCCGGTG----CTGC---CTGGGCT-C--AC-CAT---GGTTCA-CT TGG-CTGAT--CCTAATTG--GACC--ATTTCTTTT--------  
 76 HLU236704_Humulus_lupulus_Hl7S                      26.4%  ---------GCT--GGGCTTAGCAACGTGGGCCTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GGC--------A---TGT----GGGAAATGG- -A----------ACT-TTG--GGTCAGC-----CCAGTGGA-TCGGGTCC AGAG---TTAGCTGT-TTAC-TGGTC-----TGCCCATTC-CAA-GC-CG --GGAGTTGGGCT-G-----AGTGATTTG--GGCGAAGGCC-----TGG- GTTGCGCAGCTCC-T--AGAG-TGGAGGGTAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGCGACTACC-TC--T-CGCTCT--CG-GCAGTGGAAGGATAAC G-GGCCGGTG----CTTC---CTGGATC-C--AA-CAT---GGTTCA-CT GGG-CTGACt-CTTAATAG--GACC--ATTTCTTTT--------  
 77 HLU236705_Humulus_lupulus_Hl7S                      27.3%  ---------GCC--GGGCTCAGCAACGTGGGCCTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GGC--------A---TGA----GGGAAATGA- -G----------ACT-TTG--GGCCAGC-----CCAGAGAG-TCGGATTC AGTG---TCGGCTGA-TTAC-TGGTT-----CGCCCGTTC-CAA-GC-AA --AGAGCTGGGCT-G-----GGTGAGTTG--GACGAAGGTC-----TGG- CTTACTCAGCTCC-T--AAAG-CGGTGGGTAACGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACTACC-TC--C-CGTTCT--TG-GCAGTGGAAGGACAAC G-AGCCGGTG----CTGC---CTGGGCT-C--AC-CAT---GGTTCA-CT TGG-CTGAT--CCTAATTG--GACC--ATTTCTTTT--------  
 78 HLU236706_Humulus_lupulus_Hl7S                      27.2%  ---------GCC--GGGCTTAGCAACGTGGGCCTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GGC--------A---TGT----GGGAATTGG- -G----------ACT-TTG--GGTCAAC-----CCAGTGGA-TCGGGTCC AGTG---CTAGCTGC-TTAC-TGGTC-----TGCCCATTC-CAA-GC-CG --GGAGTTGGGCT-G-----AGTGACCTG--GGCGAAGGCC-----TGG- GTTGCGCAGCTCC-T--AGAG-TGGAGGGCAATGCGTGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGCGACTACC-TC--C-CGCTCT--CG-GCAGTGGAAGGATAAC G-GGCCGGTG----CTAC---CTGGATC-C--AC-CAT---GCTTCA-CT GGG-CTGACt-CTTAATAG--GACC--ATTTCTTTT--------  
 79 Lycopersicon_EsculentumA                            25.4%  ---------GGC--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAATCCA----A--- G--------TGGA-----GAC--------AT--CAA----AGTGG-TTG- -A----------ATA-TTG--GGCTTTA-----CCAGAAGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTTA-GTTC-TGGCC-----TGCCCTGTC-CAA-GC-AC --AGAGTTGGATC-T-----CGAGGCCCA--AATGAAAATA-----TGG- GCTTCTTGATTCC-T--AAAG-TGGGGCGGACCGCATGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGTGAA-CGC-TC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATAAT G-GGTCGGTG----TCTT--ATCAAGTT-C--AG-TAA---CGCCTA-AT GGG-TTGCT--C-CAATAA---ACA--ACCACCTTT--------  
 80 Lycopersicon_EsculentumB                            26.2%  ---------GTC--GAGCTTAGTAATGTGGGCTTGTAACCCA----A--- A--------TGGG-----GGC--------AT--TAA----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--GGCTGTA-----CCAGATGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGACT-----TGCCCTATC-CAA-GC-TT --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGCCCA--ATTGAAGAAA-----TGG- ACTACTTGATTCG-T--AAAG-TGGGGCGGAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGATAAGT-TT--C-CGCTCT--AA-GCGGTGGAAGGATAAC G-AGTCGGTG----TTCT---CTGAGTC-C--AG-TAA---TGCCTG-AT GGG-CTGCT--C-TAATTA--AACC--ACCACTTTT--------  
 81 Lycopersicon_EsculentumC                            26.2%  ---------GCC--GAGCTCAGTAGCGTGGGCTTGTAACTCA----A--- G--------TGAG-----GGC--------AT--CAG----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--AACATGC-----CCAGAAGG-TAGGGCTT GT-----GTGACAAT-TCTC-TGGCC-----TGCCCTGTC-CAA-GC-AA --AGAGTTGGGTC-T-----TGTGGGCCA--AGCGAAGGCT-----TGG- GCTGCTGGGCTCC-T--AAAG-TGGGGTGGACTGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGAATAGC-TC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATAAC G-AGCCAGTG----TCAT---ATAAGTT-C-AAC-GAA---TGTCTG-AT GGG-CTGTT--C-TAGTTA--AACT--ACCACATTT--------  
 82 Lycopersicon_EsculentumE                            25.3%  ---------GTC--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GAT--------GT--TAA----GGTGG-TGG- -A----------ATA-TTG--GGCTGTC-----CCAGATGG-CTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGGCC-----TGCCCTATC-CAA-GT-AC --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGTCCA--ATTGAAAGAA-----TGG- GCTACTAGATTCC-T--AAAG-TGGGGTGGAC-CCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGAAAAAC-TT--C-CGCTTT--GT-GCAGTGGAAGGATAAC G-GACCGGTG----CCTT---CCAAGTT-C-CAT-TAA---TGCCTG-AT GGG-CTGTT--C-TAGTTA--AACT--ACCACATTT--------  
 83 Lycopersicon_EsculentumF                            28.5%  ---------GCC--GAGCTTTGTAACGTGGGCTTGTAACCCG----A--- G--------TGGG-----GGC--------AA--CAA----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--GGTCCAT-----CTTGATGG-ATGGGCTT GA-----AGGGCTAAtGTTC-TGGCC-----TGCCCTGTC-CAA-GC-AC --AGAGTTGGGTC-A-----AGTGGTCTA--TACGAAAGTA-----TAG- -CCACTTGGCCTT-T--AGAG-TGGGATGGACTGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGACTAGT-CC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATCAC G-GGCTAGTG----CTCT---TTGAGTCcT-AAC-AAA---AACCTG-AT AGG-TTGCC----TAATTA--AACC--ATCACTTTT--------  
 84 Lycopersicon_EsculentumG                            25.3%  ---------GCC--GAGCTTAGTAATGTGGGCTTGTAACCCA----A--- A--------TGGG-----GGC--------AT--TAA----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--GGCTGTA-----CCAGATGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGGCC-----TGCCCTATC-CAA-GC-AC --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGTCCA--ATTGAAAGAA-----TGG- GCTACTAGATTCC-T--AAAG-TGGGGTGGACCGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGAAAAAC-TT--C-CGCTTT--GT-GCAGTGGAAGGATAAC G-GACCGGTG----CCTT---CCAAGTT-C-CAT-TAA---TGCCTG-AT GGG-CTGCT--C-CAATTA--AACC--ACCACTTTT--------  
 85 Lycopersicon_EsculentumH                            25.7%  ---------GTT--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAATCCA----A--- G--------TGGA-----GAC--------AT--CAA----AGTGG-TTG- -A----------ATA-TTG--GGCTGTA-----CCAGATGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGACT-----TGCCCTATC-CAA-GC-TT --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGCCCA--ATTGAAGAAA-----TGG- ACTACTTGATTCG-T--AAAG-TGGGGCGGAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAGTGAACAGC-TC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATAAT G-GGTCGGTG----TCTT--ATCAAGTT-C--AG-TAA---CGCCTA-AT GGG-TTGCT--C-CAATAA---ACA--ACCACCTTT--------  
 86 Lycopersicon_EsculentumI                            25.6%  ---------GCC--GAGCTTAGTAATGTGGGCTTGTAACCCA----A--- A--------TGGG-----GGC--------AT--TAA----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--GGCTGTA-----CCAGATGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGACT-----TGCCCTATC-CAA-GC-TT --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGCCCA--ATTGAAGAAA-----TGG- ACTACTTGATTCG-T--AAAG-TGGGGCGGAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGATAAGT-TT----CGCTCT--AA-GCGGTGGAAGGATAAC G-AGTCGGTG----TTCT---CTGAGTC-C--AG-TAA---CGCCTG-AT GGG-TTGCT--C-CAATTA--AACC--ACCATTTTT--------  
 87 Lycopersicon_EsculentumJ                            25.9%  ---------GTC--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAATCCA----A--- G--------TGGA-----GAC--------AT--CAA----AGTGG-TTG- -A----------ATA-TTG--GGCTTTA-----CCAGAAGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTTA-GTTC-TGGCC-----TGCCCTGTC-CAA-GC-AC --AGAGTTGGATC-A-----CGAGGCCCA--AATGAAAATA-----TGG- GCTTCTTGATTCC-T--AAAG-TGGGGCGGACCGCATGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGTGAACAGC-TC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATAAT G-GGTCGGTG----TCTT--ATCAAGTT-C--AG-TAA---CGCCTA-AT GGG-TTGCT--C-CAATAA---ACA--ACCACCTTT--------  
 88 Lycopersicon_EsculentumK                            25.9%  ---------GTT--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAATCCA----A--- G--------TGGA-----GAC--------AT--CAA----AGTGG-TTG- -A----------ATA-TTG--GGCTTTA-----CCAGAAGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTTA-GTTC-TGGCC-----TGCCCTGTC-CAA-GC-AC --AGAGTAGGATC-A-----CGAGGCCCA--AATGAAAATA-----TGG- GCTTCTTGATTCC-T--AAAG-CGGGGCGGACCGCATGAGGCTGGCTTCA CAGAGCAGTGAACAGC-TC--C-CGCTCT--GT-GCAGTGGAAGGATAAT G-GGTCGGTG----TCTT--ATCAAGTT-C--AG-TAA---CGCCTA-AT GGG-TTGCT--C-CAATAA---ACA--ACCACCTTT--------  
 89 Lycopersicon_EsculentumN                            26.2%  ---------GTT--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GAT--------GT--TAA----TGTGG-TGG- -A----------ATG-TTG--GGCTGTA-----CCAGATGG-TTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGACT-----TGCCCTATC-CAA-GC-TT --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGCCCA--ATTGAAGAAA-----TGG- ACTACTTGATTCG-T--AAAG-TGGGGCGGAATGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGATAAGT-TT----CGCTCT--AA-GCGGTGGAAGGATAAC G-AGTCGGTG----TTCT---CTGAGTC-C--AG-TAA---CGCCTG-AT GGG-TTGCT--C-CAATTA--AACC--ACCATTTTT--------  
 90 Lycopersicon_EsculentumO                            25.4%  ---------GCC--GAGCTTAGTAACGTGGGCTTGTAACCCA----A--- G--------TGGG-----GAT--------GT--TAA----GGTGG-TGG- -A----------ATA-TTG--GGCTGTC-----CCAGATGG-CTGGGCTT GG-----TGGGCTAA-TTTC-TGGCC-----TGCCCTATC-CAA-GC-AC --AGAGTTGGATC-A-----TGTGGTCCA--ATTGAAAGAA-----TGG- GCTACTAGATTCC-T--AAAG-TGGGGTGGACCGCGTGAGGCTGGTTTCA CAGAGCAACGAAAAAC-TT--C-CGCTTT--GT-GCAGTGGAAGGATAAC G-GACCGGTG----CCTT---CCAAGTT-C-CAT-TAA---TGCCTG-AT GGG-CTGCT--C-CAATTA--AACC--ACCACTTT---------  
 91 Cineraria_Hybrida                                   24.2%  ---------ACC--GGGCTTGGTAACGCTAGTCTATAACTCA----A--- G--------TGAG-----GGT--------AT--CAA----AGTGG-TTG- -A----------ACT-TTG--AGCTTGGc---TTAGCTAGT-TGGGTCTG TA-----GACACCGC--ACC-TGGCT-----TGCCCGTTC-CAA-GT-CG --AGAGTGGGTTC-A-----TGTTTCCTG--AGCGAAGGCT-----CGG- GTGATGTGAGCTT-T--AGAATCGGGGGGCAATGCGTTAGGCTGGTTTCA CAGAGCTGCGAAAACC-TC--T-ACCTCT--CG-ACTGTGGAAGGATTAC A-AGCCGGAG----TGTC---TTAGGCT-C--ATaTAAcC-AGCC----T GG--CTAGC--C-CAACAG--GACA--CCCATTT----------  
 92 D_Melanogaster_Chr_arm_3R_12X_1_coverage_(Oct_2000  30.2%  ---------GAC-TGGAAGGT-TGGCA-GCTTCTGTA-ATCA----C--- G-CTTCTG-TGAG-----GTC--------------T----GATTG-TGG- -G----------ATGGCCT-GAGGCTGG-GA-TCTACTGCG-TAG-C-GG ACCA---GCTCATGT--TGA-CGGAA-----CGTCCGCAC-TAA-GC-TT --GCCAT-CAATAt------GGGTGCCAT--GGAGGAGTCC-----GTG- GCATTCAGGTTGGcT--AAGG-AGGGATGAACCGGGCCAGGGGTGAA--A ACCAGCAGCCAAGAGT-TC--C-CGTGGT--AG-GCAGTAGTGGGATAGC G-TACCGGAG----TGGA---CTGCCGT-T--AT-----C-AGCC----C AAC-CGATA----TGGTTG--GACC--ACAATCTTT--------  
 93 D_Melanogaster_Chr_arm_3R_12X_13_coverage_(Oct_200  30.2%  ---------GAC-TGGAAGGT-TGGCA-GCTTCTGTA-ATCA----C--- G-CTTCTG-TGAG-----GTC--------------T----GATTG-TGG- -G----------ATGGCCT-GAGGCTGG-GA-TCTACTGCG-TAG-C-GG ACCA---GCTCATGT--TGA-CGGAA-----CGTCCGCAC-TAA-GC-TT --GCCAT-CAATAt------GGGTGCCAT--GGAGGAGTCC-----GTG- GCATTCAGGTTGGcT--AAGG-AGGGATGAACCGGGCCAGGGGTGAA--A ACCAGCAGCCAAGAGT-TC--C-CGTGGT--AG-GCAGTAGTGGGATAGC G-TACCGGAG----TGGA---CTGCCGT-T--AT-----C-AGCC----C AAC-CGATA----TGGTTG--GACC--ACAATCTTT--------  
 94 CElegans_Chr_III_1                                  28.8%  ---------ACC--GAGCGTCGTGGCGGGCGCTTGTGAGTC-----A--- G-CTTCT--TGAC-----GGT-------------AG----ATGAG-TGT- GG----------ATGGAGT-GAGAGGAG-GA-GTCCTGTGT-ATG-TCGT TGTC---AACGTC-----GA-CCGAG-----CGTCCGTGC-CAA-GC-GC --TGCGT-CACCA-G-----GGGATGACT--GTCGGAAGAT-----GGT- CAGTCCCGGGTGCaT--AAGG-AGTGGTGGAT-GGTTCAGGACCGAA--A GGTAGCAGACAAAAGC-CA--C-CGCGCG--GT-GCAGTGGCCGGACAGC G-CTT--GTG----AGTT--GA-CACGT-A-TAC---A-C-AGCC----T TCT-CAATA----CCTTCA--GACC--ACTTGTCACT-------  
 95 CElegans_Chr_III_2                                  28.5%  ---------ACC--GAGCGTCGTGGCGGGCGCTTGTGAGTC-----A--- G-CTTCT--TGAC-----GGT-------------AG----ATAAG-TGT- GG----------ATGGAGT-GAGAGGAG-GA-GTCCTGTGT-ATG-TCGT TGTC---TACGTC-----GA-CCGAG-----CGTCCGTGC-CAA-GC-GC --TACGT-CACCA-G-----GGGATAACT--GTCGGAAGGC-----GGT- TAGTCCCGGGTGCaT--AAGG-AGTCGTGGAT-GGTTCAGGACCGAA--A GGTAGCAGACAAAAGC-GA--C-CGCGTG--GT-GCAGTGGCCGGACCGC G-CTT--GTG----AGTT--GA-CACAC-A-TAC---G-C-AGCC----T TCT-CGATA----CCTTCA--GACC--ACTTATCATT-------  
 96 CElegans_Chr_III_3                                  27.6%  ---------ACC--GAGCGTCGTGGCGGGCGCTTGTGAGTC-----A--- G-CTTCT--TGAC-----GGT-------------AG----ATAAG-TGT- GG----------ATGGAGT-GAGAGGAG-GA-GTCCTGTGT-ATG-TCGT CGTC---TACGTC-----GA-CCGAG-----CGTCCGTGC-CAA-GC-GC --TACGT-CACCA-G-----GGGATAACT--GTCGGAAGGC-----GGT- TAGTCCCGGGTGCaT--AAGG-AGTCGTGGAT-GGTTCAGGACCGAA--A GGTAGCAGACAAAAGC-GA--C-CGCGTG--GT-GCAGTGGCCGGACCGC G-CTT--GTA----AGTT--GA-CACAC-A-TAC---A-C-AGCC----T TCT-CGATA----CCTTCA--GACC--ACTTATCATT-------  
 97 CElegans_Chr_III_4                                  28.8%  ---------ACC--GAGCGTCGTGGCGGGCGCTTGTGAGTC-----A--- G-CTTCT--TGAC-----GGT-------------AG----ATAAG-TGT- GG----------ATGGAGT-GAGAGGAG-GA-GTCCTGTGT-ATG-TCGT TGTC---AACGTC-----GA-CCGAG-----CGTCCGTGC-CAA-GC-GC --TGCGT-CACCA-G-----GGGATGACT--GTCGGAAGAT-----GGT- CAGTCCCGGGTGCaT--AAGG-AGTGGTGGAT-GGTTCAGGACCGAA--A GGTAGCAGACAAAAGC-CA--C-CGCGCG--GT-GCAGTGGCCGGACTGC G-CTT--GTG----AGTT--GA-CACGT-A-TAC---A-C-AGCC----T TCT-CAATA----CCTTCA--GACC--ACTTGTTTTT-------  
 98 AC084446_Caenorhabditis_Briggsae                    28.6%  ---------ACC--GGGTGTCGTGGCGGGCGCCTGTGAGTC-----A--- G-CTTCT--TGAC-----GGT-------------AG----ACAAG-TGT- GG----------ATGGAGT-GAAGGGAG-GA-GTCCTGTGG-GTG-TTGT CGGC---AACGGC-----GA-CCGAG-----CGTCCGTGC-CAA-GC-GC --TGCGT-CGCCA-G-----GGGTCTCCG--GTCGGAAGGC-----TGG- CGGTCCCGGGCGCaT--AAGG-AGTGGTGCAC-GGCTCAGGGCCGAA--A GGCAGCAGGCAAAAGC-CA--C-CGCGCG--GT-GCAGTGGCCGGATAGC G-CTT--GTG----AGTT--GT-CGCTC-G--CC-CA--C-AGCC----T CTC-TGATA----CCTTCA--GACC--ACTTGTCATT-------  
 99 XLRN16_Xenopus_laevis_7SL_DNA                       29.5%  ---------GCC--GGGCGCTGTGGCGTGTGCCTGTAATCC-----A--- G-CTACT--TGGA-----GGC---------T----T----GGGCT-GTC- GG----------ATCGCTT-GAGTCCAT-GA-GTTCTG-GG-CTG-CACT GAGC---TATGTC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGTAT-CAATAt------GGTTTTCCT--GGGGGAGCCT-----CGG- ATCACCAGGTTGC-TcTAAGG-AGGGGTGAACCGGCCTAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-CC--C-CGTGCC--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CGGTG-C--AG-AA--C-AGCC----T GAA-CAACA----CAGCGA--GAC---ACAGTTCT---------  
100 FR40756_Fugu_rubripes                               29.8%  ---------GCC--GGGTACGGTGGCGCGTGCCTGTAATCCA----A--- G-CTACT--GGGA-----GGC---------T----G----AGGCT-GGC- GG----------ATCGCTT-GAGCTCAG-GA-GTTCTG-GG-CTT-CAGC GGAC---TATGTC-----GA-TCGGG-----TGTCCGTAC-TAA-GT-TC --GGTAT-CGATAt------GGTGCTCCT--GGGGGAGCCC-----GGG- ATCACCAGGTCGCcT--AAGG-AGGGGTGCCCCGGCCCAGGTCGGAA--A CGAAGCAGGTCAAAGC-CC--C-CGTGCC--GC-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCC--GTG----AATA--GA-CGCTG-T--AG-TT--C-AACC----T GAG-TAACA----CAGCGG--GAC---TCAGTCTTT--------  
101 Rattus_Rattus                                       28.4%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCACGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGGAC-AGA- GG----------ATCGCTT-GAGTCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-TAGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CACTG-C--AC-TC--C-AGCC----T GGG-CAACA----TAGCGA--GACC--CCGTCTCT---------  
102 AC091616_Rattus_norvegicus                          28.7%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCACGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGACA-GGA- GG----------ATCGATT-GAGTCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-TAGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CACTG-C--AC-TC--C-AGCC----T GGG-CAACA----TAGCGA--GAC---CCGTCTCT---------  
103 AB021174_Oryctolagus_cuniculus                      28.7%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCGCGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGGCC-GGA- GG----------ATCGCTT-GAGTCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-TCGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CACTG-C--AC-TC--C-AGCC----T GGG-CAACA----TAGCGA--GACC--CTGTCTCC---------  
104 Canis_Species                                       28.7%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCGCGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGGCA-GGA- GG----------ATCGCTT-GAGCCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-CAGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CACTG-C--AC-TC--C-AGCC----T GTG-CAACA----TAGCGA--GACC--CCGTCTCT---------  
105 CNS01DX7_HSapiens_chr_14_DNA_seq_BAC_R649E7         28.9%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGGCT-GGA- GG----------ATCGCTT-GAGTCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-TAGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CACTG-C--AC-TC--C-AGCC----T GGG-CAACA----TAGCGA--GACC--CCGTCTCTT--------  
106 AC020711_1_HSapiens_chr_14_clone_RP11429A17,_WORK   27.7%  ---------GCC--GGGCGCGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCC----A--- G-CTACTC-GGGA-----GGC---------T----G----AGGTG-GGA- GG----------ATCGCTT-GAGCCCAG-GA-GTTCTG-GG-CTG-TAGT GCGC---TATGCC-----GA-TCGGG-----TGTCCGCAC-TAA-GT-TC --GGCAT-CAATAt------GGTGACCTC--CCGGGAGCGG-----GGG- ACCACCAGGTTGCcT--AAGG-AGGGGTGAACCGGCCCAGGTCGGAA--A CGGAGCAGGTCAAAAC-TC--C-CGTGCT--GA-TCAGTAGTGGGATCGC G-CCT--GTG----AATA--GC-CTCTG-C--TC-TC--C-AGCC----T GAG-CAACA----TAGCGA--GACC--CCGTCTCTT--------  

MView 1.41, Copyright © Nigel P. Brown, 1997-1999.